Son muchos los autores que no dudan en afirmar que Vilanova fue el fundador de la química moderna. Otros, por el contrario, lo consideran un magnífico alquimista, pero sin otras connotaciones. Kopp, por ejemplo, no lo tiene por un auténtico científico aunque afirme que sin duda Vilanova conocía por experiencia propia la piedra filosofal.
Arnaldo creía que la Piedra poseía una naturaleza doble, y que dependía de cuál de esas dos naturalezas la poblase en un determinado momento para conseguir la transmutación del oro o de la plata. Bastaba también una pequeña porción de esta «piedra» para transformar cien porciones de mercurio en otras tantas de oro o plata.
Al margen de estas afirmaciones más o menos verificables, lo cierto es que Arnaldo se entregó en cuerpo y alma a la actividad alquímica. Johannes Andreae, teólogo contemporáneo suyo, afirmaba haber sido testigo de una transmutación que el maestro de Vilanova había llevado a cabo nada menos que en presencia del papa Bonifacio VIII. Escribía sobre el particular: «En estos años tuvimos en la corte papal al maestro Arnaldo de Vilanova. Este maestro es toda una autoridad en Medicina y Teología. Es también un gran alquimista, y no tiene inconveniente en que cualquiera pueda examinar las varillas de oro que él mismo ha fabricado».
Aseguraba el maestro esotérico que tanto los minerales como los vegetales y animales poseen una «propiedad» o fuerza secreta, imposible de ser percibida por los sentidos. Tampoco la razón logra captar esta cualidad tan particular, que depende de la composición de los elementos de la materia que la posee. Los astros ejercen un poderoso influjo sobre su desarrollo. El oro, en particular, es el metal que posee esta propiedad en mayor medida.
Para Arnaldo, la influencia de los astros puede ser determinante. Cree que Dios se vale de ellos para gobernar la naturaleza, y que la incidencia que tienen sobre el ser humano puede ser determinante. Al aplicar sus conocimientos astrológicos en el campo de la medicina, hace descubrimientos muy brillantes como, por ejemplo, los efectos que tienen los ciclos lunares sobre el flujo sanguíneo.
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