Arnaldo sigue cosechando grandes triunfos, especialmente como médico, campo en el cual su fama es notoria. El mismo rey de Aragón, que enferma gravemente en 1285, le hace llamar. El tratamiento del maestro alquimista es tan acertado que el monarca se recupera plenamente, y le muestra su agradecimiento haciéndole importantes regalos.
Este éxito notable obtenido en la corte pudo ser el detonante para que el sabio empezase a tomar parte activa en los asuntos de la política. El príncipe Fadrique, hijo del rey de Aragón, le nombra médico de su corte en Sicilia. Es entonces cuando el vilanovense se encarga de una serie de misiones diplomáticas que cumple con notable acierto. Todas estas gestiones no le impiden dedicarse al estudio de sus ciencias herméticas y, sobre todo, aplicarse a una de sus actividades preferidas: las llamadas artes adivinatorias.
Y es precisamente esta capacidad profética, en la que también había logrado notables aciertos pues, entre otros hechos, supo predecir con exactitud la muerte de su primer benefactor, el rey de Aragón, la que habrá de ser causa de sus desdichas. Confiado en sus dotes, se atreve a vaticinar la llegada del Anticristo y el fin del mundo, acontecimiento que fecha en el añó 1335. La inquina papal empieza a hacerse notar, y es seguro que si Arnaldo hubiera vivido algunos años más, habría terminado en la hoguera.
Entre sus obras hay una, el Tetragrammaton, que tuvo mucho que ver con la antipatía que hacia él sintió el papa. No obstante, también hubo otros motivos que sirvieron para enemistarle con las autoridades eclesiásticas. Entre ellos hay que contar sus afirmaciones terminantes acerca de que la caridad es una virtud mucho más importante que el cumplimiento de ciertos preceptos, como el de asistir a misa. O que las bulas papales no dejaban de ser otra cosa que invenciones de los hombres. Naturalmente, manifestaciones de semejante índole eran consideradas como herejías rotundas.
Entre los viajes múltiples que Arnaldo de Vilanova llevó a cabo para cumplir encargos de tipo diplomático, se encuentra el que le condujo a la corte de Francia, en la que por entonces reinaba el nefasto Felipe el Hermoso (el mismo rey que andando el tiempo habría de convertirse en azote y verdugo de la Orden del Temple), que, aunque los motivos no son claros, mandó detenerle. No obstante, Arnaldo se convirtió en el médico del monarca.
Mientras tanto, el papa Bonifacio VIII también sigue muy de cerca sus andanzas y hace vigilar sus escritos. Finalmente, manda que se quemen todas sus obras. El pobre Arnaldo ha de someterse al poder eclesiástico y abjurar de todos «sus errores». Ello no le libra, sin embargo, de la prisión en los calabozos de la Iglesia.
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