La sabiduría ocultista y esotérica de Agripa sorprendió a otros grandes maestros, que no dudaron en elogiarle sin tapujos. Ya hemos dicho en páginas anteriores que el famoso abad Tritemo le hizo una advertencia, tras leer su Filosofía oculta. Pero el indudable efecto que debió causarle esta obra queda bien reflejado en las palabras que le dirigió, nada más concluir su lectura:
«... Ni lengua mortal puede expresar, ni pluma describir con qué regocijo, carísimo Agripa, hemos recibido la obra sobre filosofía oculta que me habéis enviado para examen. Siento hacia vuestra sabiduría poco común la más alta admiración pues, siendo como sois todavía muy joven, habéis sido capaz de exponer con brillante estilo profundos secretos, ocultos a muchos sabios varones. Os agradecemos, sobre todo, vuestra confianza. Vuestra obra merece nuestro beneplácito, y os encarezco y ruego que sigáis por el camino que habéis iniciado, sin permitir que se adormezcan tan valiosas fuerzas intelectuales, sino que, por el contrario, las ejercitéis continuamente y las perfeccionéis, dignándoos mostrar a los ignorantes la luz de la verdadera sabiduría con que Dios os iluminó en tan alto grado.»
Aunque bien podemos colegir, una vez más, por estas encomiásticas palabras que los conocimientos de Agripa eran vastos y profundos, ello no impidió que sus últimos años resultaran notablemente azarosos. En 1529 es nombrado, tras muchos intentos por conseguirlo, archivero real y puede, así, casarse por tercera vez, contando ya más de cuarenta años.
Mientras tanto, la Iglesia persiste en acabar con él. A la muerte de la regente de los Países Bajos, Margarita, se le detiene acusado de brujería. Permanece en prisión hasta 1531. Cuando, finalmente, se le pone en libertad ya no logra disfrutar mucho de ella, porque muere cuatro años después.