Los medicamentos en homeopatía tienen casi exclusivamente tres fuentes:
Como fósforo, oro y azufre o sales minerales, como cloruro de sodio, carbonato potásico y fosfato de calcio.
Como Anemone pulsatilla (pulsatila), Staphysa.Tria (estafisagria), Matricaria chamomilla (manzanilla) y Ruta graveolens ruda), entre otras.
Como Lycosa tarentula (araña), Lac caninum (la leche de la perra) y Lachesis (veneno del crótalo), etc.
Todos los medicamentos se conocen por sus nombres latinos, lo que permite a los homeópatas del mundo entero transmitir su conocimiento. La mayoría de medicamentos tienen pruebas que definen su uso. La fabricación de los medicamentos está regulada en cada país y las normas se publican en documentos llamados Pharmacopoeia, como por ejemplo Pharmacopoeia homeopathic de Estados Unidos.
Hahneman descubrió que los medicamentos eran más efectivos si se administraban en pequeñas cantidades. En contra de lo que cabría esperar, el medicamento correcto actúa más a fondo durante un período de tiempo más prolongado si se administra en una dosis más pequeña. Los homeópatas actuales creen que ello se debe a que la persona enferma es, en general, más sensible, precisamente por estar enferma, sobre todo a un medicamento que podría causar los mismos síntomas en otra persona sana, por eso la homeopatía tiene soluciones a largo plazo.