El siguiente paso del tratamiento homeopático consiste en determinar qué remedio provocaría los mismos síntomas que presenta el enfermo.
Para ello, se consulta la materia médica homeopática. Al iniciar el proceso, muchos profesionales utilizan un índice de la misma, llamado «repertorio». El repertorio muestra los síntomas y los medicamentos que los causan.
Por ejemplo, el síntoma «garganta, dolor, escozor», tiene 13 medicamentos, de los que el Apis mellifica es el más destacado.
El homeópata tiene que considerar los medicamentos idóneos para la mayoría de los síntomas importantes, y por tanto consultará la materia médica, donde cada medicamento se describe según todos los síntomas, en todas las partes del cuerpo, y también lo que puede causar en una prueba.
Dos siglos de experiencia homeopática han enseñado que cada medicamento tiene sus propias características individuales, del mismo modo que cada persona también es única. El homeópata intenta elegir el medicamento más apropiado basándose siempre en ese principio.