En 1941 Lowen concluyó el curso impartido por Reich, y entonces decidió a seguir manteniendo un contacto directo con Reich, que entonces vivía en Forest Hills. En el transcurso de sus entrevistas ambos decidieron llevar a cabo un proyecto que se basaba en las teorías sobre la sexualidad mantenidas por Reich.
De esta forma comienza una relación entre los dos hombres que ha de dar buenos frutos. Pero al joven Lowen lo que le interesa, sobre todo, es conseguir la fama; y Reich le asegura que le hará famoso; si bien, antes de nada, es necesario que el futuro creador de la Bioenergética se someta a terapia con él.
Según afirma Lowen, la primera sesión terapéutica con Reich constituyó una experiencia inolvidable. Se entregó a la terapia convencido de que estaba completamente sano y que con ella sólo iba a recibir una simple preparación técnica. Pero, poco a poco, fue dándose cuenta de que estaba muy equivocado. Reich le hacía ver que no respiraba bien y que su cuerpo estaba tenso. Cuando concluyó aquella primera sesión, no tenía la menor duda de que existían en él una serie de emociones e imágenes que trataban de ocultarse a su conciencia y que necesitaban salir a la superficie.
Una vez concluidas las sesiones con Reich, y ya con la aquiescencia de su maestro, Lowen empezó a impartir este tipo de terapia. Pocos años después viajó a Suiza, y en Ginebra se doctoró en Medicina. De regreso a Estados Unidos se dedicó a poner en práctica todos sus conocimientos sobre la terapia reichiana, hasta aproximadamente el año 1953. Sin embargo, pronto empezó a observar los cambios que se estaban produciendo en el entorno de su antiguo maestro y los enfrentamientos que suscitaba la postura de éste entre la clase médica. Todo ello, unido a que había ido ampliando el contenido de su terapia con elementos ajenos a las teorías reichianas, produjo un progresivo distanciamiento entre los dos terapeutas.